Οι υπηρεσίες που διαθέτει το Ε.Κ.ΕΠ.Υ. προς τις μονάδες υγείας αναφέρονται παρακάτω:
- Η κατάρτιση, παρακολούθηση και ο συντονισμός των συστημάτων εφημερίας των νοσοκομείων και η επιμέλεια κοινοποίησής τους στον έντυπο και ηλεκτρονικό τύπο, καθώς και σε υπηρεσίες τηλεφωνικής ενημέρωσης των πολιτών.
- Η κατάρτιση του 24ώρου προγράμματος υπηρεσιών του προσωπικού.
- Η συνεργασία με το Ε.Κ.Α.Β. και τα νοσοκομεία για τη διακομιδή των ασθενών στα εφημερεύοντα νοσοκομεία.
- Η ηλεκτρονική καταγραφή των διατιθέμενων σε ιδιωτικές ασφαλιστικές εταιρείες κλινών των νοσοκομείων του Ε.Σ.Υ.
- Η εκπόνηση, μετά από εισήγηση των αρμοδίων Υ.ΠΕ.,του ετησίου προγράμματος αναστολής λειτουργίας ορισμένου χρόνου, των Μονάδων Εντατικής Θεραπείας της χώρας.
- Η συνεχής ενημέρωση για τυχόν προβλήματα που ανακύπτουν στα νοσοκομεία και η άμεση κινητοποίηση όλων των απαραίτητων μηχανισμών για την επίλυσή τους διμερών ή πολυμερών διεθνών συμβάσεων και συνθηκών καθώς και πρωτοκόλλων συνεργασίας.
- Η κατάρτιση και η εκτέλεση προγραμμάτων επισκέψεων ξένων επιστημών, εμπειρογνωμόνων, υποτρόφων ή επιστημόνων, που ενδιαφέρονται για τα επιτεύγματα της Ελλάδος στους τομείς Υγείας.
- Η αντιμετώπιση κάθε θέματος, που αναφέρεται στον τομέα της εφαρμογής του κοινοτικού δικαίου στον τομέα Υγεία.