Σύμφωνα με το Ν. 3370/2005 (ΦΕΚ 176Α/11.07.2005) «Οργάνωση και λειτουργία των υπηρεσιών υγείας», το ΕΘΝΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΕΠΙΧΕΙΡΗΣΕΩΝ ΥΓΕΙΑΣ (Ε.Κ.ΕΠ.Υ.) υπάγεται απευθείας στον Υπουργό Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης (Υ.Υ.Κ.Α.).
Αποστολή του Ε.Κ.ΕΠ.Υ. είναι ο συντονισμός των φορέων που έχουν την ευθύνη για την υλοποίηση δράσεων σχετικών με την αντιμετώπιση εκτάκτων καταστάσεων που αφορούν στη δημόσια υγεία και στο χώρο της υγείας γενικότερα, η παρακολούθηση και ο συντονισμός των συστημάτων εφημερίας των νοσοκομείων, με σκοπό τη βελτίωση και την ποιοτική αναβάθμιση των παρεχομένων υπηρεσιών υγείας προς τον πολίτη.
Ο συντονισμός αναφέρεται, ιδίως, στην αντιμετώπιση εκτάκτων συνθηκών, συνίσταται δε στον ακριβή καθορισμό αρμοδιοτήτων των εμπλεκόμενων φορέων σε καταστάσεις κρίσης. Το Ε.Κ.ΕΠ.Υ. εκπονεί επιχειρησιακά σχέδια αντιμετώπισης εκτάκτων αναγκών.
Το Ε.Κ.ΕΠ.Υ. απαρτίζεται από: α) το Κέντρο Επιχειρήσεων (Κ.ΕΠΙΧ.), β) το Συμβούλιο του Ε.Κ.ΕΠ.Υ. και γ) τη Διεύθυνση. Η Διεύθυνση αποτελείται από το Τμήμα Οργάνωσης, Υποστήριξης και Παρακολούθησης Διαδικασιών και το Τμήμα Υποστήριξης Κ.ΕΠΙΧ.
Οι φορείς που συντονίζει το Ε.Κ.ΕΠ.Υ. είναι οι ακόλουθοι: α) οι υπηρεσίες του Υ.Υ.Κ.Α., β) Οι Υπηρεσίες των Υγειονομικών Περιφερειών (Υ.ΠΕ.), των Νομαρχιακών Αυτοδιοικήσεων και των Ο.Τ.Α. Α’ βαθμού που παρέχουν υπηρεσίες υγείας και κοινωνικής αλληλεγγύης, γ) Τα Ν.Π.Δ.Δ. και τα Ν.Π.Ι.Δ. που ασκούν δραστηριότητες στους τομείς υγείας και κοινωνικής αλληλεγγύης και εποπτεύονται από τον Υπουργό Υ.Υ.Κ.Α. και δ) τους φορείς παροχής υπηρεσιών υγείας και κοινωνικής αλληλεγγύης του ιδιωτικού τομέα που εποπτεύονται από τον Υπουργό Υ.Υ.Κ.Α.
Το Ε.Κ.ΕΠ.Υ. έχει συντάξει εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας και πρόσφατα χαρακτηρίστηκε ως ενδεικτικό παράδειγμα βέλτιστης πρακτικής (best practice) στον τομέα της υγείας από το Συμβούλιο της Ευρώπης.